2247 sayılı Uyuşmazlık Mahkemesinin Kuruluş ve İşleyişi Hakkında Kanun uyarınca Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığının, adli ve idari yargı mercileri arasında görev hususunda çıkan ihtilafların çözümü amacıyla Uyuşmazlık Mahkemesi nezdinde de görevleri bulunmaktadır. 
Bu kapsamda, idari yargı mercilerinde açılmış olan davalarda ileri sürülen görev itirazının reddi üzerine, görev konusunun incelenmesi için Uyuşmazlık Mahkemesinde adli yargı lehine olumlu görev uyuşmazlığı çıkarılmaktadır. 
Uyuşmazlık Mahkemesinde görülmekte olan davalarda, mahkemece gerekli görülen durumlarda Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığınca yazılı olarak görüş bildirilmekte ve toplantılarda sözlü açıklamalarda bulunulmaktadır. Uyuşmazlık Mahkemesinde görülen olumlu ve olumsuz görev uyuşmazlığı ve hüküm uyuşmazlığına ilişkin dosyaların ilk incelemesi sırasında uyuşmazlıkla ilgili görüş bildirilmektedir.